HK Express宣佈將於2020年3月23日至4月30日期間暫時停止所有航班營運，此舉措乃因應新型冠狀病毒（COVID-19）於全球大流行的情況持續，導致香港特別行政區政府及亞洲多國相繼頒佈多項入境限制，以及旅遊需求大幅下降而決定推行。航空公司將密切留意疫情發展，計劃於2020年5月1日恢復航班營運，而官網亦繼續出售2020年5月起出發的機票。

HK Express已採取多項措施確保企業營運資金充裕，其中包括控制成本、凍結職位招聘、協調供應商，以及推行「特別無薪假計劃」，藉此減輕疫情對企業財政所造成的影響。

「這是一個非常艱難的決定。」HK Express行政總裁吳潔文表示。「然而，為確保能平穩渡過這個非常困難的時期，此項措施實在是有必要推行。考慮到目前正面臨的挑戰，確保資金充裕是維持業務及團隊運作的關鍵。」